Попробуйте отредактировать значение $arFilter следующим образом:

$arFilter = Array( "IBLOCK_ID"=>$iblock, "ACTIVE_DATE"=>"Y", "ACTIVE"=>"Y", "SECTION_ID"=>идентификатор раздела, 'INCLUDE_SUBSECTIONS'=>'Y');

Если и это не решает проблемы, то идей нет. Вероятно либо вы что-то делаете не так, либо есть какая-то специфика в настройках.

Код для деактивации разделов работает, а для деактивации элементов почему-то не работает

Здравствуйте.

Нужно создать файл с произвольным именем в папке с сайтом, скопировать указанный код в него и выполнить. Например, обратившись к данному файлу по адресу сайта через браузер.

Не забудьте также подключить в этом файле header.php и footer.php.

Касаемо деактивации товаров в конкретном разделе — нужно доработать указанный в статье код. В массиве $arFilter вероятно нужно передать что-то вроде параметра SECTION_ID в котором будет указан идентификатор вашего раздела. Точнее не скажу, нужно проверять.